Helixio, prestataire de services d’analyses de la diversité microbienne
L’étude du microbiome par séquençage a permis de propulser notre compréhension de la diversité microbienne dans de nombreux domaines, notamment la santé humaine et animale, les biotechnologies, l'agriculture, l'alimentation et les sciences de l'environnement.
En raison de leur grande diversité et complexité, l'identification et la quantification du microbiote constituent des étapes essentielles pour comprendre leurs effets dans différentes situations biologiques.
Quels que soient les micro-organismes présents (bactéries, archées, champignons, virus et autres), le séquençage haut débit permettent aujourd'hui d'explorer le microbiote avec une haute résolution.
Nous proposons différents protocoles adaptés à la nature de vos échantillons et aux objectifs de votre étude, y compris pour les très faibles quantités d’ADN ou d’ARN. Nous vous accompagnons dans le choix de la solution la plus adaptée à votre projet.
- Metabarcoding - Séquençage d'amplicons (16S, 18S, ITS)
Révélez la composition de vos communautés microbiennes
Le métabarcoding repose sur l'amplification ciblée de régions génétiques conservées, telles que le gène 16S pour les bactéries et archées, le 18S pour les eucaryotes ou les régions ITS pour les champignons. Des amplicons plus spécifiques peuvent également être développés selon vos besoins, et Helixio vous accompagne dans leur conception.
Le métabarcoding constitue une solution rapide et ciblée pour étudier la diversité des communautés microbiennes. Bien qu'elle génère moins de données que la métagénomique shotgun, elle offre une excellente sensibilité pour la caractérisation taxonomique des échantillons.
Les analyses de données de métabarcoding incluent notamment l'assignation taxonomique des microorganismes, la comparaison des communautés (OTU/ASV), les indices de diversité alpha et bêta, les analyses différentielles ainsi que la visualisation des profils microbiens.
- Métagénomique shotgun
Révélez tout le potentiel de vos microbiomes
La métagénomique shotgun consiste à séquencer l'ensemble de l'ADN présent dans un échantillon environnemental ou biologique.
Cette approche fournit une vision exhaustive de la diversité microbienne et permet d'accéder simultanément aux informations taxonomiques et fonctionnelles.
La métagénomique shotgun permet d'identifier les microorganismes présents avec une résolution élevée, jusqu'au niveau de l'espèce et de la souche selon la profondeur de séquençage, tout en offrant l’accès aux informations taxonomiques et fonctionnelles des communautés microbiennes.
Les analyses comprennent l'assignation taxonomique, l’estimation de l’abondance, la prédiction des voies métaboliques, la détection de gènes d'intérêt (résistance aux antibiotiques, facteurs de virulence, etc.) ainsi que les analyses comparatives entre échantillons.
- Métatranscriptomique
Découvrez les fonctions biologiques actives de vos microbiomes
La métatranscriptomique repose sur le séquençage des ARN exprimés afin de caractériser les gènes activement transcrits au sein des communautés microbiennes. Contrairement à la métagénomique, qui décrit le potentiel fonctionnel, elle révèle les fonctions réellement mobilisées dans des conditions données.
La métatranscriptomique permet d'étudier la réponse des microbiotes à leur environnement, les interactions entre microorganismes et l'activité des principales voies métaboliques. Elle constitue un outil de choix pour comprendre le fonctionnement dynamique des écosystèmes microbiens.
Les analyses portent notamment sur les profils d'expression génique, les fonctions biologiques actives, les voies métaboliques exprimées, les analyses différentielles d'expression ainsi que les comparaisons d'activité entre conditions expérimentales.
Pour l’analyse de données, telles que l’assignation taxonomique, la reconstruction de génomes microbiens, l’identification de gènes d’intérêt ou encore la prédiction de fonctions métaboliques, consultez notre page dédiée à la bioinformatique !